Договор в у.е., заказ ММ в у.е., следовательно и счет, и оплата в у.е. На момент заключения договора курс счета-фактуры не известен.

Ограничения на соответстывие курсов заказа и фактуры нет. Но есть требование (для выравнивание) на соответствие валюты документа. Если мы создаем заказ в у.е., то счет в rur провести не можем. Мы проводим его в у.е. по курсу на дату счета. Это верно. Сумма в рублях зафиксировалась. Ок. Но теперь мы должны отдать эту сумму в рублях поставщику, а нам надо показать что мы закрыли свою задолженность перед ним в у.е. (валюте договора). Иначе счет не выровнится.

Вводите счет в рублях, даже если заказ в у.е.! Создавайте к нему ТП в рублях, и платите его в рублях. Все прекрасно выровнится. Не понимаю в чем здесь проблема.

Насколько я знаю, день пересчета ИВ (у.е.) в рубли по договору с валютной оговоркой, это день составления приходного ордера. Если счет-фактура пришел в у.е., то и курс нужно ставить на дату принятия на учет материалов (работ, услуг). Если же счет-фактура пришел в рублях, то и платить нужно в сумме по счету-фактуре.
Но как мне кажется, лучше придерживаться правил наследования валюты: договор -> заказ -> счет-фактура.

у нас регламент - валюта должна совпадать в Договоре, счете и оплате. Известно ли кому иное решение данного вопроса, чем отражать операции в разных валютах (Договор в у.е., счет в рублях)?

было. Тогда суммовые разницы необходимо вводить вручную, что неприемлимо при АПП (приходится ждать, пока бухгалтер проведен сумм.разн. и создадим ТП на него).

Если дата платежа определена на дату отгрузки, то суммовых разниц не будет. Также не будет суммовых разниц если была 100% предоплата.
Если курс в счете-фактуре фиксирован, то на учет МПЗ мы принимает по этому курсу, но дата оплаты определяется по условиям договора. По нормам ГК РФ , если в договоре не определен день пересчета ИВ в рубли, он определяется как день оплаты (день списания денежных средств с банковского счета).
Поэтому нужно четко формулировать условия договора!

когда по договору есть предоплата 30% по курсу ЦБ.

полностью с вами согласен. Поэтому у нас есть указания создавать (в случае расчетов в у.е.) Заказ, счет и т.д. в валюте договора.
Но встречаются договора (например), когда мы должны заплатить предоплату по курсу ЦБ, но если не заплатили, а услуга уже оказана, то поставщик выставляет по курсу на дату счета-фактуры. Таким образом, если нет средства регулировать курс оплаты (фикс./ЦБ) через АПП на дату оплаты, то возникает ситуация, что должны в рублях оплатить иную сумму, и счет уже введен в рублях. Приходится проводку делать вручную и корректировать СуммуВВ.