В опция выравнивания есть опция "Учесть ссылку на счет-фактуру".
Скажите, пожалуйста, работает ли она при частичном выравнивании основных счетов? У меня она работает только при выравнивании дебиторов кредиторов.

Привет,
Исходя из того, что опция называется

А документ счет фактуры в рамках стандарта SAPа обычно регистрируется во вспомогательных книгах, то скорее всего при выравнивании позиций на счетах не контрольных для книг дебиторов, кредиторов, данная опция работать не будет...

Точно не работатет для основных счетов. Только для контрольных.