Подскажите, пожалуйста, использую 350 профиль обновления КН.
Делаю FMX1 в табл. FMAVCT появляется запись с расходом БО, делаю ТАП со ссылкой на резервирование в табл. FMAVCT появляется запись с обновлением БП. При этом сумма в первой записи становится 0.
Далее платеж Д ФП 30 - К ФП 90, фактура(перенос) Д ФП 30 - К ФП 30, выравнивание платежа и фактуры. В итоге получаю расход бюджета платежей. А как же отразить расход обязательств?

Когда вы регистрируете счет-фактуру, он должен расходовать БО.

при выравнивании авансового платежа и счет-фактуры бюджет "схлопывается" в ноль. как быть?

Вообще-то так быть не должно.

Это у вас в документе выравнивания по позициям контрагента в обеих позициях указана релевантная ФП?
Должно быть в одной строке, выравнивающей позицию аванса ФП30, а в строке, выравнивающей счет-фактуру, ФП60.

Тогда бюджет не будет "схлопываться".

Спасибо