Читая help.sap.com я пришел к выводу, что СПБ можно не создавать, это так? Я не использую никаких переконтировок основных данных, ни для АКН ни для контировок бюджета/проводок.

Если его можно удалить, то как?

Да, так.
Без СПБ все контировки доступны для ввода бюджета и фактических проводок.

а АКН будет ли работать?

Не юзал такую настройку, но логика подсказывает что возможны два пути:
либо все будет работать нормально
либо ошибка вылезет еще на этапе настройки/заведения допусков.

проблема в том, что слишком много ФП/ПФМ фондов и программ бюджета - программы мульт подвисают, перегенирировать 20 ПФМ к сотне фп, 12 фондов и 10 прб - весьма и весьма долго, хотя мне нужно сделать контировки проводки к бюджетным одни-в-один.

есть ли какие-нибудь способы оптимизации этого времени?

попробуйте применить ноту 1298411 - Performance issue for mass transactions, сап для нас как раз коррекцию в ней сделал по массовым операциям - после нее все стало просто летать.