При изменении структурного плана бюджета система ругается что ПФМ / ФП не имеет определенного вышестоящего объекта бюджета, по структуре ПФМ это и так самое верхнее ПФМ, в чем причина ошибки или где-то в настройках что-то еще донастроить нужно???

Вопрос судя по всему относится к классическому составлению бюджета? Проверьте тогда, стоит ли галочка у контировки:ПФМ верхнего уровня/фп верхнего уровня. Самый верхний уровень на уровне высшего ПФМ - это ФП верхнего уровня.

не стоит