Подскажите, пожалуйста, почему при вводе бюджета в FMBBC(операция Ввод, Платежный бюджет, контировка как в ошибке) я получаю ошибку АКН:

=============
Годовой бюджет превышен на 1.010,00 RUB (УБ: Контроль наличия в ПлБ) для позиции документа 000001
№ сообщения FMAVC005

Diagnosis
The annual budget is exceeded by 1.010,00 RUB (УБ: Контроль наличия в ПлБ) for the document item 000001. Budget control on outgoing amounts ( ceiling type Expenditures) raised this message for the following combination of availability control ledger, fiscal year (and if applicable, year of cash effectivity) and control object:

9H/2013/ALFA/09/ALFA/11111
=============

Соответственно сейчас бюджет по этой контировке ноль, есть проводка факта на 10.
АКН считает мой ввод бюджета как расход, почему так?

Ну вообще то по правилам хорошего тона можно было бы и сумму проводимой операции написать .
Я так понимаю это 1.000,00?
У Вас скорее всего проблема со знаком для дохода/расхода бюджета. Поищите на форуме по этим ключевым словам - несколько тем подробно обсуждающих эту проблему есть.

Да, упустил, ввожу бюджет на 1000.

У меня в настройке ....Документы ввода бюджета->Определить опции обработки для сумм бюджета
знак для поступлений - положительно; знак для расходов - положительно.
в настройке ...Информационная система->Определение знака + / - для информационной системы
записей нет.
Обычные настройки.
Может что-то еще есть?

Т.е. темы по знакам не нашли?
Поставьте для поступлений отрицательно и попробуйте.
Если бы старые темы хорошо прочитали то нашли бы что для поступлений нужно ставить отрицательно, для расходов положительно.