Adelle, BUDGET_PERIOD используете только для АКН, а факт собираете по дате отражения в УБ?
Вопрос связан с тем, что если, например, мы выставили с\ф январем (BUDGET_PERIOD=01), а оплата пришла к нам февралем, то при выравнивании, насколько я понимаю, платеж пройдет в бюджете тоже с BUDGET_PERIOD=01. Т.е. факт БДДС по этому полю собрать не получится.

ИМХО если используется ведение одновременно годовых и помесячных бюджетов, то нормально собрать план/факт по BUDGET_PERIOD в стандартных отчетах не получится. Суть проблемы:
Мы завели бюджет на год - в системе провелся документ с бюдж периодом "2012", мы завели бюджет на декабрь - в системе провелся документ с бюдж периодом "2012.12". А дальше проводим факт - проводится документ УБ в который можно запихнуть только одно значение бюдж периода. И если мы в документ факта запихнем стандартным ФМ зачение "2012.12", то не будет документа, по которому можно собирать факт для года. И наоборот.

Только начинаем его использовать, но пока все устраивает.
Никаких дополнительных манипуляций по расширению регистров и прочего мы не далили, только активировали бюджетный период (об этом писала тут).
Пока очень нравится. Единственное, что вызывает недоумение, зачем понадобилось жестко привязывать БП к фонду. Но это по всей видимости, как любят говорить САПы, "programm design".
Безусловным плюсом решения является то, что без особых усилий можно вести контроль за различные отрезки времени (месяц, квартал, год, полугодие), просто указав нужный отрезок времени.
На нашем проекте мы с помощью небольшой разработки на основе СПБ и периода бух. проводки сделали автоматическое определение БП в зависимости от БА. Т.е. определенному БА в СПБ присваиваете релевантный отрезок времени, по которому этот БА контролируется, и автоматически проставляете его в проводки. Все счастливы