Настроил сплиттинг.
Если раньше при полном выравнивании документ выравнивания был пустой, то теперь возникают две позиции (по дебету и кредиту). Соответственно, увеличиваются обороты по контрольному счету.
Вопрос 1: Так и должно быть, или я что-то не настроил?

Вопос 2: Если увеличение оборотов при настроенном сплиттинге нормальное явление, то как можно технически решить данную проблему?
Лично мне представлется возможным ставить галку "красное сторно", как при частичном выравнивании. Но пока не понимаю, как это сделать. И главное, не понимаю, какие могут быть последствия.

Эх, по-моему, эта тема уже обсуждалась... и лучше было задать вопрос в ветке FI, если нет вопросов по сплиттингу касательно FM
В двух словах, в newGL с активированным сплиттингом больше не может быть выравнивания без позиций (объяснение сапа как и почему в ноте - 950773 - NewGL: Clearing lines with activated document breakdown).
Насчет второго вопроса - да, красное сторно - вариант.

Лечится замещением с красным сторно.