Подскажите, пожалуйста, у меня резервирование сокращается счетом-фактурой на сумму без НДС. Так и должно быть или у меня не правильно настроено?

Да, в стандарте так и должно быть.
Резервирование средств ведь указывается не в позиции кредитора (сумма с НДС),
а в корреспондирующей позиции, где сумма без НДС.