Как вы ведете иерархию ФП, ПФМ, через иерархию или через группировки?
На курсах рекомендовали для версии 6.0 использовать только группировки, про иерархию нужно забыть, как про пережиток прошлого. Но как же быть с тем, что почти все настройки ориентированы именно на иерархию: деривация вышестоящего элемента, стандартные экстракторы, обязательное заведение варианта иерархии, а также отображение именно иерархии в стандартных отчетах..
Группировки ведутся сами по себе, использовать их нигде стандартом нельзя. Или я ошибаюсь?

Деривация вышестоящего элемента - это не самая лучшая лучшая идея.

может использоваться и группировка, и иерархия. Сапы советуют обойтись без иерархий так потому, что это линия партии последние годы такая у сапа, так проще. Но на практике обойтись без иерархии достаточно трудно, поэтому сап и не настаивает, это просто их рекомендация, но при этом они не отказываются от поддержки в случае проблем с иерархией. Т.е. сап по-прежнему и в 6.0 допускает их использование. Группы Вам необходимо будет вести в специальных транзакициях в основных данных, использовать их можно, например, в массовых операциях.

ну здесь это может быть обусловлено достаточно изощренной политикой некоторых клиентов, например, на одном уровне иерархии превышение допустимо в одних границах и реакция профиля должна быть предупреждение, а на верхних уровнях проверка строже и по допустимому превышению и по реакции (например ошибка должна уже быть при таком превышении).