В модуле FI-FM при проводке платежей (в настройке- реальное обновление) со ссылкой на фактуры (в настройке- статистическое обновление), платежи проводятся со статистическим обновлением.
Подскажите, как сделать, чтобы платежи проводились с реальным обновлением?

А чего вы удивляетесь?

У вас в принципе насколько понимаю обратная ситуация.Так что как видите система по идее не позволит вам провести не статистический платеж со ссылкой на статистический счет-фактуру. Хотя эту проблему можно попробовать решить: в специально предназначенном для этого юзер-экзита(Extension SAPLFMFA, component EXIT_SAPLFMFA_001; development class FMFS, transaction CMOD.) убирать индикатор статистической проводки.

Писали проверку и замещение индикатора статистики в EXIT_SAPLFMFA_001 , но программа туда не заходит при выполении, например, FBCJ.