Можно ли как-нибудь извратиться и через конфигурацию вариантов задать, на какой вариант изготовления будет создаваться плановый заказ?

нет.

Вариант изготовления из ОЗМа может попасть в плановый заказ:
1) если задать его там вручную
2) если вы прописали это в ППП
3) если вы использовали квотирование

если вы используете конфигурируемые мат-лы, вы всё равно проставляете вариант изготовления на уровне ОЗМ, так что правила игры такие же...

опишите подробнее вашу задачку, может, что-то придумается, потому что (конф. мат-л + варианты изготовления) - это, на мой взгляд, не очень удачное решение.

Задача такая - считать фактическую себестоимость по конкретным агрегатам, выделенным в разные МВЗ, равноценным с точки зрения производства, при этом для некоторых сочетаний признаков конфигурации должен выбираться конкретный агрегат. Конфигурация определяет нормы расхода и производительность агрегатов.
Поискал и нашел - есть BADi MD_PLDORD_CHANGE, в котором в методе CHANGE_BEFORE_SAVE_MRP можно изменять плановый заказ, а в нем есть cuobj и verid.

РМ видит, при расчете факта, когда разгоняет отклонения, не только в разрезе ОЗМ и варианта изготовления, но и по сегментам, например если ПМ к РР заказу, на разных переделах, было в сегмент запаса клиента. До конца не решает проблему, так как на обпределенных переделах нет возможности указать заказ и позицию SD, при ситуации когда пойдет на следующий передел, а ОЗМ тоже вариант КМАТ, так как может и на сбыт пойти. Но как вариант решения....

пока я не вижу необходимости в использовании вариантов изготовления.

Отношения, прописанные в техкартах, на основании заданных значений признаков определяют перечень используемых операций (с заданными рабместами, к которым привязаны МВЗ) и нормы расхода времени. Соответственно, вы можете взять нормы непосредственно из заказа, когда перечень производственных операций с нормами уже сформирован.

Отношениями в техкарте можно выбрать операцию, которая выполняется на том или ином рабочем месте, но регистр материалов может собирать затраты на варианте изготовления, а не на рабочем месте или операции. Только поэтому надо отношениями выбирать вариант изготовления.

пока не понимаю вас...
затраты собираются на МВЗ.
Или на коллекторе затрат. В этом случае действительно необходим вариант изготовления.
Вам необходимо собирать затраты на коллекторе?

Коллектор, не коллектор - это вторично. Как правило, при использовании для сбора затрат на продукт коллектора затрат используется уровень контроллинга "вариант изготовления". Но его можно использовать и с РР заказами. Равно как и с коллектором затрат можно использовать уровень контроллинга "Материал" или "Спецификация и техкарта".
На МВЗ собираются косвенные затраты, которые потом косвенно, через механизм работ, распределяются на носители затрат (CO-PP, CO заказы, коллекторы затрат на продукт).
Регистр материалов может собирать затраты на выбранном уровне контроллинга - например, на уровне материала или варианта изготовления этого материала. В CKM3 будет видна фактическая себестоимость или на уровне материала, или на вариантах изготовления этого материала. Разведя по вариантам изготовления разные агрегаты (технологии), можно выпуская один материал видеть разную фактическую себестоимость по агрегатам в CKM3.