Есть 3 мысли по этому поводу (все зависит от массовости вашей проблемы):

1. Разделить СПП элемент на 2 элемента (один с запасом проекта, второй нет). По каждый элемент - свой ПП заказ на одинаковый материал, под каждый заказ 2 спецификации (при создании заказа - ручной выбор спецификации)- в одной спецификации те материалы. которые надо списывать с запаса проекта, во второй - со свободного запаса. В этом случае можно не получить никакой выгоды.
2. Написать программульку, которая анализировала бы запас СПП-элемента и резевирования ПП-заказа на него, в случае дефицита материала проверяла бы свободный запас и переводила бы недостающую часть со свободного в запас соответсвующего СПП-элемента под списание.
3. Посмотреть user-exit перед сохранением заказа (такой точно есть), <я не знать русский языка> в нем автоматически поправитьбудущее резервирование у нужных вам материалов на свободный запас. Для идентификации нужных материалов можно воспользоваться типом позиции спецификации (или в крайнем случае полем ключ сортировки в позиции).