Подскажите, кто настроил программу J_3RF_DEPRBONUS по начислению премии, все настойки я сделала, премия начисляется, но к справочнику Амортизационные группы подвязан справочник ОКВЭД , соответственно теперь не могу сделать выборку по АГ, чтобы начислить 10 или 30%

Это печально, если нет модернизации, используйте двухфазный код амортизации вместо программы. Или загружайте в прогу списки системных номеров, заранее разделенные по ставкам.

На селекционном экране программы в блоке 'Расчет амортизационной премии' вместо заданного по умолчанию значения поля ANLA-GDLGRP определите то, которое Вам нужно.
В нашем случае амортизационные группы заносятся в 'Поле классификации 4' (ANLA-ORD44) в карточке ОС. Таким образом, определяя на экране ANLA-ORD44 привязывается нужный справочник.