Существует такая проблема: БУ и НУ основных средств ведут разные люди. Соответственно первоначальная стоимость ОС в НУ должна сформироваться позднее проводки в БУ. Но в настройках области НУ стандартно копируется первоначальная стоимость из бухгалтерской области и обойти это не удается. Сталкивался ли кто-либо с аналогичной проблемой?

Пусть копируется. Бухгалтер по НУ может ее скорректировать при необходимости специально созданными видами движения.

Это можно обойти, есть нота. 11604.
Но раз САП таки не дает возможности снять эту настройку легальным способом (через SPRO), и даже не хочет сам создать программу, а предлагает создать ее в клиентском пространстве имен, то видимо и гарантировать САП ничего не хочет. Взвесьте все.
Например прорезать такую область через AFBN не получится.

такая возможность была в версии 4.6. Видимо ее отключили из-за новой главной книги, при ведение учета с которой возникает некорректная ситуация по проводкам

В 4.7 это возможно, только применив ноту.