При модернизации меняется код амортизации (амортизация считается от остаточной стоимости) создаем субномер и делаем на него перемещение, при этом появляются обороты по счету, которые не устраивают бухгалтеров.
Кто-нибудь решил проблему начисления амортизации при модернизации без перемещения на новый субномер?

Без перемещмения на новый субномер нельзя из-за амортизации, а вот обороты достаточно нормальные Дт 01 Кт 08.3.

А вы на субномер какую стоимость перемещаете? Увеличенную в результате модернизации или остаточную до проведения амортизации?