Необходимо создать класс, в котором счет запаса и счет начисления амортизации должен быть одинаковым. Допускает ли это система?

да, допускает. Это например при реализации ОС по налоговому учету на сумму убытка необходимо создать класс новый и амортизировать этот объект. ТАк вот надо создать один счет как счет наличия и прописать его как по счетам поступления так и по амортизациооным счетам и тогда по Кт счета идет амортизация, а по Дт счета - поступление