С 1 января 2013 г. вступает в силу новый абзац подп. 1 п. 1 ст. 268 НК РФ. Он предусматривает, что при реализации взаимозависимому лицу основного средства, в отношении которого применялась амортизационная премия, до истечения пяти лет с момента ввода в эксплуатацию остаточная стоимость такого объекта увеличивается на сумму расходов, включенных в состав внереализационных доходов в соответствии с абз. 4 п. 9 ст. 258 НК РФ. Иными словами: к сумме остаточной стоимости нужно прибавить сумму восстановленной амортизационной премии. Тем самым уменьшится финансовый результат от реализации основного средства. Таким образом, восстановление амортизационной премии в доходах нивелируется увеличением остаточной стоимости продаваемого объекта. В итоге сумма налога с дохода от реализации основного средства в рассматриваемом случае будет одинаковая независимо от того, продается этот объект взаимозависимому лицу или нет.
Покажем это на примере. Предположим, что первоначальная стоимость основного средства равна 120 000 руб. К нему была применена амортизационная премия в размере 30 процентов первоначальной стоимости (36 000 руб.) Допустим, что объект продается за 70 000 руб. спустя три года с момента ввода его в эксплуатацию. За время эксплуатации сумма амортизационных начислений составила 50 400 руб. Таким образом, в данном случае остаточная стоимость основного средства равна:
(120 000 - 36 000) - 50 400 = 33 600 руб.
Это значение остаточной стоимости используется при определении выручки от реализации амортизируемого имущества налогоплательщиком независимо от того, является покупатель взаимозависимым лицом или нет.
Теперь определим сумму налога на прибыль по данной операции для случая, когда основное средство продается не взаимозависимому лицу:
70 000 - 33 600 = 36 400 x 20 % = 7 280 руб.
Если же объект продается взаимозависимому лицу, то налогоплательщик обязан восстановить в доходы периода реализации 36 000 руб. (абз. 4 п. 9 ст. 258 НК РФ), т.е. с этой суммы он перечислит в бюджет 7 200 руб. (36 000 x 20 %). При этом согласно подп. 1 п. 1 ст. 268 НК РФ остаточную стоимость продаваемого объекта нужно увеличить на восстановленную амортизационную премию, тогда выручка от реализации основного средства составит:
70 000 - (33 600 + 36 000) = 400 руб.
Налог на прибыль, соответственно, равен 80 руб. (400 x 20 %).

Создал новую группу видов движения, позволяющую корректировать особую амортизацию в текущем году, сделал вид движения. Проверил, тут все работает идеально, во всех областях оценки создаются документы, все в порядке.