У нас указано значение 27 "Остаточная стоимость с долевой поправкой стоимости". При указании значения 03 все полетело по всем остальным ОС. Скажите, как при таких значениях рассчитывается амортизация? А если я укажу значение 24 "Остаточная стоимость"?

странно... а что именно у Вас полетело?
насчет 24 ссылочного значения не могу подсказать... единственное, что когда я настраивала код амортизации для модернизированных ОС, где была необходимость расчета амортизации от остаточной стоимости, это значение не подошло, а вот с 27 значением - все заработало. Попробуйте...