При создании job-a появляется следующее: Enter document number from number range 03 for year 2006
кто-нибудь сталкивался? что это предполагает?

Похоже,что интервалу № 03 в 2006 году не присвоен диапазон номеров документов.

проблема была в другом: почему-то в этой транз. проставился автоматом тип док. AF (амортиз) вместо AA (ОС). Почему это роизошло?

AF стоит из-за стандартных настроек вида документа по умолчанию для периодических проводок.