Можно ли настроить класс ОС таким образом, чтобы на него не начислялась амортизация, независимо от того, заполнена она при создании ОС или нет?

Можно вообще определенную область оценки для класса деактивировать. Тогда и амортизации по ней соответственно не будет.
Или можно по умлочанию проставить код амортизации "Без начисления", и в правилах построения экрана это поле сделать с ведением на уровне класса, тогда поменять код при создании или изменении будет нельзя.

В этом случае на этот клас ОС вообще никаких операций не будет. Или я ошибаюсь?

В принципе да.
Просто если область типа 02 (с проводкой в ГК только амортизации), то никаких операций кроме амортизации по ней по-любому не будет.

Как вариант можно написать проверку на этот класс, чтобы код амортизации всегда был "0000".