Ситуация такая:
Входящие платежи начали вводиться через полгода после начала ввода Заказов, Счетов на предоплату и Продаж.
Были введены у всех БП "Начальное сальдо БП" на 01.11.2006 (например) для реального отображения К/Д сальдо по ним.
Теперь при вводе Входящего платежа для БП мы видим все Продажи и Счета на предоплату, для которых не введен документ "Входящий платеж"
Как лучше выйти из этого положения?

отменить счета на предоплату, и оплатить продажи. смысла в счете на предоплату созданного после продажи совершенно никакого, и оплата счета на предоплату если уже есть продажа только лишние телодвижения

а нельзя обойтись без ввода всех оплат по каждой Продаже?

Ну в принципе можно оплатить и все продажи сразу, а если еще и юзерские поля при этом не используете и номера платежных поручений не нужно гдето запоминать, то вообще легко