Оригинальный сч-ф выставлен в январе и идет по курсу января - 35
Сторно и исправленный сч-ф сделан в марте. Исправленный сч-ф идет по курсу марта - 45.

Есть ли настройки, чтобы исправленный сч-ф шел по такому же курсу, что и оригинальный сч-ф?

Ведение управления копированием фактур.
Вид поиска курса для расчета цен для типа позиции фактуры.