Добрый день.

Наблюдаем занятную картину
1) создается список счетов скажем из 10 фактур
2) потом этот список сторнируется, но в сторно попадают не все фактуры из списка
3) потом не можем фактуры собрать в новый список т к часть из них уже есть в списке из пункта 1

Те список счетов сторнируется частично.

Поис по нотам ничего не дал.

А сторно отдельной фактуры (которая была в списке), успешно?

Нам сторно отдельных фактур и не нужно.
В список включили не все фактуры и нужно было сторнировать старый список и создать новый с теми же фактурами + еще несколько.

Из первого сообщения понятно, что нужно делать сторно не отдельной фактуры, а списка...
Возможна проблема в самой фактуре, которая была в списке, но документ сторно для неё не создался?..

как вариант подебажить формулу в условии копирования вида фактуры в сторно списка счетов. подозрение что там как раз для некоторых счетов и рубится.