Для партионных материалов можно создать партию во входящей поставке нажатием на кнопку "Создать партию".

Но можно ли стандартом добиться, чтобы партия создавалась автоматически (как в MIGO)?

партию можно создавать в заказе на поставку.
У вас входящая делается на основе заказа на поставку.