Добрый день.

Подскажите никто не сталкивался с такой проблемой:

Создалась масса бух документов со ссылкой на сбытовую фактуру, которой нет в системе. Причём чаще всего есть по этому же заказу такая же сбытовая фактура нормальная с бух документом.
Все фактуры создавались массово с помощью VF04. Есть подозрение, что это связано с блокировками в системе, но всё равно не понятно как система позволяет уже провести бух документ не создав сбытового?

Не позволяет. А смоделировать ситуацию в разработке у Вас получается?
Я могу предположить, что скорее всего при обновлении БД (в update task) возникла критическая ошибка. Причины могут быть любыми, но в первую очередь надо смотерть user-exit'ы и замещения FI на предмет наличия "потенциально опасного кода".