Подскажите как можно сделать такое:
БЕ1 проводит выручку Д62 К90, а затем передает выручку в филиал проводками: Д90 К79 в БЕ1 и Д79 К90 в БЕ2.
С первой проводкой понятно, можно ли сделать две другие в рамках одного счета-фактуры, либо какого то последующего документа?

Читайте Library в разделе "Intercompany Business Processing".
http://help.sap.com/saphelp_470/helpdat ... ameset.htm