Здравствуйте.
В тр.ММ06 - Flag Material for Deletion - материал отмечен для удаления.
При использовании его в стандартном заказе выдается предупреждающее
сообщение V1 406. Но только предупреждающее, а не запрещающее.
Не подскажите, где и как можно поменять статус этого сообщения ?

Судя по коду в инклюде FV45PF0M_MAAPV_SELECT - никак.

IF MTCOR-LVORM NE SPACE.
* Material zum löschen vorgemerkt
IF US_ERROR NE SPACE AND KOPIEREN IS INITIAL.
IF SY-DYNGR NE 'ANFO' AND
( VBAP-MATNR NE *VBAP-MATNR OR
NOT MATNR_CHANGED IS INITIAL ).
IF VBAP_MATNR_LOE NE VBAP-MATNR AND
( VBAP_WERKS_LOE NE VBAP-WERKS OR
VBAP-WERKS IS INITIAL ).
VBAP_MATNR_LOE = VBAP-MATNR.
VBAP_WERKS_LOE = VBAP-WERKS.
DA_SUBRC = SY-SUBRC. " Message-Befehl ändert sy-subrc auf 0
MESSAGE I406 WITH US_MATNR.
SY-SUBRC = DA_SUBRC.
ENDIF.
ENDIF.
ENDIF.
US_SUBRC = 0.
ENDIF.

Как видим здесь класс сообщения I зашит в код. С ним вы ничего сделать без модификации не сможете.
Но можете до кучи добавить "более грубое" сообщение в user-exit (например, USEREXIT_CHECK_VBAP в инклюде MV45AFZB).
Да, будет ругаться два раза, но если все равно нужен эррор и отшить, то какая разница?

Еще можно навесить на поле с меткой удаления какую-нибудь проверку и пытаться что-то менять в документе так,
чтобы он был неполный с точки зрения неполноты данных. Тогда уже система сама будет ругаться.
Но это уже немного извратом попахивает...

а зачем менять статус, не советую. Думаю надо искать альтернативу, н.п. чем архивация не подходит , или еще как вариант посмотрите здесь SPRO -> Общая логистика -> ОЗМ -> Параметры для центральных полей -> Релевантные для сбыта данные -> Определение статуса сбыта

вообще сколько не рыл, но класс сообщений типа V1 можно только в проге менять в самом коде и то, если там инхансмент. Правда грят, надо искать альтернативу

Спасибо большое всем откликнувшимся за советы.
Придется искать альтернативу...

MV45AFZZ можно тут прописать проверку при вводе материала на галочку удаления материала, если она есть, то еррор на экран - это я к альтернативам