такой дурацкий вопрос...
какие настройки определяют позицию для отгрузки из под запаса заказа клиента...?

Настройка класса потребности, определяемого по виду потребности для данного типа позиции,.. с соответствующим кодом запаса..

Или необходимо что-то ещё????

влияет:
1. Особый запас в настройке типа позиции
2. Особый запас и индикатор раздельной оценки в классе потребности.
3. Релевантность отгрузке партии поставки