Добрый день!
Подскажите пожалуйста, как запретить вводить позиции в поставку вручную. Но нужно учесть, что при создании упаковки, тара должна выходить (попадать) в поставку.

Можно экзитом, а можно и настройками.
При создании поставки без ссылки на заказ отрабатывает настройка 0184 (транзакция).

В типе позиции поставки можно указать обязательность предшественника. так что убираем в присвоении типов позиций все типы, которые можно создавать без ссылки и все. Тип позици для тары соотвественно оставляем.