Один и тот же сбытовой материал прописан на разных заводах. Завод-поставщик прописывается в ОЗМ независимо от присвоения к заводу, то есть один для всех.
При создании заказа клиента со ссылкой на контракт по позициям заказа присваивается завод, который прописан в ОЗМ как Завод-поставщик.
Как формировать заказы, в которых завод-поставщик отличается от завода, указанного в материале контракта?

Это Вам нужно смотреть правило копирования из контракта в заказ. Посмотри условия копирования

смотрел, но завод там пока не нашёл

Тогда напишите свою рутинку где будите копировать завод.