С моей точки зрения, лучше по позиции заказа проставить причину отклонения, тогда позиция заказа не будет формировать потребность(резерв).
Только причина отклонения должна быть корректно настроена(установить галку "Не релевантно для фактур" и поле "Статистические величины" заполнить значением X).
В этом случае у вас останется история что было заказано, что было отгружено и причина отклонения,почему был недогруз.
Это может понадобиться когда-то, если вдруг захочется отчет по уровню сервиса, например.
Если же вы измените количество в позиции заказа то у вас заказ будет на 100 процентов выполнен, что, возможно, не соответствует реальности
Но, также система позволяет изменить количество в меньшую сторону, несмотря на то,что есть цепочка документов.
У вас что при попытке это сделать какая-то ошибка возникает?