Коллеги! Подскажите, почему в заказе клиента, при расчете налога учитывается налоговый классификатор получателя материала, а не заказчика? Это как то настраивается?

возможно налог привязан по стандарту к стране назначения, то есть куда поедет товар от того места и налог считается, то бишь от получателя.
посмотрите настройки FI -налоговиков.

Настраивается, ветка в сбыте Налоги -> Ведение определения.