Добрый день!
Можно ли скрывать поля торговых документов в SPRO, как это у ММ. Или только через SHD0?

В SD есть настройки, влияющие на доступность некоторых полей в торговых документах, но это лишь побочное действие )) В основном, пользуются SHD0. Однако и это не панацея - не на все экраны/поля можно навесить свой вариант.

И какие есть в таком случае рекомендации?

Как какие? Как и всегда -
1) Пользоваться тем что есть
2) Писать экзиты

Есть ещё GuiXT, например.
И ЮЭ USEREXIT_FIELD_MODIFICATION в MV45AFZZ.
В целом о "персонализации"