Имеем:
1. Заказ на поставку c материалом-1. Дата фактурирования (поставки и прочие) = 01/12/2009
2. Поставка по заказу, в которую дополнительно к материалу-1 вручную добавляется материал-2.
В поставке все даты = 05/12/2009.
3. с 05/12/09 новые цены в условиях (налоги).
4. при фактурировании поставки получаются фактура1 и фактура2 из-за разных типов позиций материалов 1 и 2. Дата фактуры = 05/12/2009.
5. правила копирования заголовка и позиций из накладной в фактуры типов 1 и 2 полностью одинаковы, за исключением того что цена для материала1 берется из заказа, а для материала2 из поставки.

Но:
- в фактуре1 по материалу1 условие в расчете цены выбирается на дату 05/12/2009. Что есть хорошо.
- в фактуре2 по материалу2 условие в расчете цены выбирается на дату 01/12/2009 (догадываюсь что из заказа Дата фактуры). Что есть НЕ ХОРОШО. Как это победить?

в заголовке(позиции) заказа есть дата цены. Ее можно изменить при создании фактуры на первом экране.
дата фактуры и дата цены может не совпадать, смотрите что у вас

дату фактуры изменяем.
дата фактуры = дате цены.

Что не устаивает? Если дата фактуры = дате цены, то при создании фактуры указывайте разные даты, либо правьте свои программы копирования.

повторю еще раз.
дата поставки и фактуры соответсвует периоду с новой ценой, НО подхватывается старая.

тогда необходимо сделать пересчет цены B, это настраивается также в копировании

Совершенно верно, обычно в настройках копирования фактур указывается условие обновления цен "G" (определить налоги заново), чтобы в фактуре всегда были актуальные ВУ "Налоги" на дату проводки.
Для остальных ВУ обновление в фактурах обычно не нужно, т.к. считается что продажная цена "фиксируется" в заказе на дату заключения договора, или соглашения.

В настройке копирования фактур "С". Поэтому для нашего случая предположение не помогло.

Методом научного тыканья , после безрезультативного обследования формул копирования и spro-шных настроек было установлено:
1.для материала1, притянутого в поставку из заказа, на ставку налога в фактуре оказывает влияние дата "Фактический ОМ" - поле LIKP-WADAT_IST.
2.для материала2 вручную(пакетником) введенного в поставку на ставку налога в фактуре оказывает влияние дата из заголовка поставки "Срок поставки" - поле LIKP-LDAT. Причем нужно сначала указать дату и только затем добавлять материал2.

Странно. Дата фактуры должна браться из даты ОМ.
А был ли для 2ой позиции ОМ (может она текстовая или еще какая)??

для 2ой позиции ОМ не делается