Можно ли настроить возврат от клиента (заказ вида RE, поставку LR и фактуру RE) чтобы они работали также как сторно первоначальной продажи?

Кто пробовал? Какие подводные камни?
[к фактуре прицепить fi-документ сторно; к партии поставке - вдв 602 - как_то так... ]

PS. Бухгалтерия требует делать возврат от клиента через сторнирование первоначальной продажи и потом продажа заново по-полной.
В этом случае (думаю) потеряется связь документов друг с другом, да и не красиво это как-то.

IMHO это блажь. Но если они так уж уперлись, то лучше уж делайте сторно и новую продажу. Связь документов не потеряется, если все делать со ссылкой на предыдущий документ и правильно настроить обновление document flow.