Нужно создать схему неполноты данных внешней торговли в тр. VI29 и в тр. VI49 присвоить ее стране-отправителю (у вас наверное RU). Причем в схеме заголовка и позиции должно быть хотя бы одно поле, в управлении полями которого нужно поставить 1 или 0.
Если с такими настройками начать создавать документы поставки - все должно быть OK.
А вот если нужно создавать фактуры на ранее созданные поставки с измененными настройками, нужно пойти еще в VTFL и на заголовке в поле Поиск/ЭкспСегмента поставить B.
Если что-то не понятно из написанного, то можно обсуждение проблемы почитать здесь:
http://sapboard.ru/forum/viewtopic.php?t=20459