Нет там ничего не прописывали (VP01). Думал, что хватит прописать в VV31. Там обязательно прописывать для каждой сбытовой организации?

У нас 1 (Send with periodically scheduled job). В VP01 пусто.

Поставил 1. Счета фактуры вообще перестили попадать в список. Думаю это относится к записям выходных документов, а не их печати.

Если стоит 1 (Send with periodically scheduled job), то output record (таблица NAST) должна создаваться (на экранчике Output у нее будет "желтый статус"), но на печать (или любой другой метод обработки, который вы выберете) она будет отправлена когда вы запустите программу RSNAST00 (тогда статус изменится на "зеленый").

Если у вас это работает по-другому, то IMHO проблемы где-то на другом уровне.

Проблему решили внеся код в программу печати счет фактуры. Если печатается через vf31, то отключаем появление диалога.
Других параметров не нашли, видно так делается на каждом проекте.