Позиция стандартная, но для фактуры не релевантна. Но почему-то в поставке пишет позиция не отфактурирована. Конечно не отфактурирована, если не релевантна. Подскажите в чем может быть дело.

А в настройке типа позиции что стоит в "Релев.для фактуры"? И ещё одно, посмотрите какое стоит условие копирования из поставки в фактуру в этом типе позиции, может быть такая ситуация: стоит условие при котором необходим отпуск мат-ла, а вы его ещё не провели, вот система и выдаёт сообщение.

1) Ничего не стоит (пустое поле ,щзначит для фаткуры не релевантно)
2) Проводка отпуска проведена
Это не случайный документ, у всех поставок так

Аааа, так вы и не хотите фактурировать (не очень внимательно прочитал в первый раз), да дествительно какой то глюк, а в позиции заказа какой статус по отношению к фактуре?

советую посмотреть настройку схемы статусов