Возможно ли сделать так, чтобы сумма для условия НДС не расчитывалась в процентах, а вводилась какая-либо фиксированная сумма? Что-то у меня так сделать не получилось. Или это в принципе не возможно?

Зависит от вида условия. Если используется стандартный триггер MW01, то надо посмотреть настройку последующего ВУ (MWR1, например) - предусматривает ли она ручное введение не только цены, но и полной суммы (галочка). Причем, как я подозреваю, смотреть это надо не только в SD, но и в FI, откуда эти ВУ тянутся.
А если создать свой вид условия для налогов, то возможно все.