В ConfigTool прописан порт 51ххх . Как определить - правильно ли он указан? При создании нового конекта в Visual Administrator, в качестве порта нужно указывать этот порт из ConfigTool?
Если в ConfigTool порт прописан правильный и при конекте в Visual Administrator используется он, и при этом не удается законектится в Visual Administrator что нужно/можно еще проверить?

По умолчанию вроде так 5<номер инстанции>04

Номер инстанции: usr\sap\ads\jc11 - 11, т.е. порт в ConfigTool д.б. указан 51104? Этот порт там указан. В VA создается соединение: direct connection, localhost, порт 51104. При попытке соединения, после ввода пароля выдает сообщение: cannot open connection on host: <IP SAP сервера> and port 51104. При этом в SMICM (в продуктиве) в Администрирование-J2EE-сервер (локал.)-Просмотр статуса:
Статус AS Java: начальн.
Запуск AS Java деактивирован из-за слишком большого числа ошибок

Через SMICM J2EE перезапустить пробовалось. На очень небольшое время в просмотре статуса видится: Статус AS Java: запущено,
затем:
Статус AS Java: начальн.
Из-за настройки запуск AS Java не выполнен
потом опять:
Статус AS Java: запущено
так несколько раз, и в итоге:
Статус AS Java: начальн.
Запуск AS Java деактивирован из-за слишком большого числа ошибок

Еще, ОС на которой установлен сервер сообщает о небольшом количестве свободного места в директории ADS ~ 120 мгб.

Подскажите, куда копать? - нужно залогинится в VA для продления лицензии

Версия системы какая?

Так вопрос то судя по всему не к VA, а java инстанции. Смотрите логи, что там за "слишком большое количество ошибок"?
Разбирайтесь с ними, а потом дойдет очередь до VA.

можно начать со startdb с последующим R3trans -d
чтобы посмотреть в R3trans.log, цепляется ли к обеим частям базы (ABAP & JAVA)
может быть проблема с secure store
я вообще выглядит, как будто решили поменять ява-машину, а её версии, как йогурты - не одинаково полезны