Совсем немного было времени на "подумать" с февраля.

brtools по сути пользовательский интерфейс поверх кучи SQL скриптов. Они интегрированы в сап, ведут свою историю резервных копий, и т.д. и т.п. Т.е. это просто удобный инструмент, который кстати умеет не только делать копии.
Ничего не мешает вам делать резервное копирование другими инструментами, но мониторить и поддерживать это придется самостоятельно.
brtools никаких транзакций не останавливают. м.б. вы спутали с оффлайн бэкапом, тогда да, БД будет остановлена, а по завершении бэкапа стартована.