Если у Вас большое количество объектов, то не принципиально как переносить.
Что кучей запросов за один прием, что объединив все в один транспорт.
Все возможные проблемы, при условии корректности разработок, возникнут на этапе активации, поскольку порядок активации весьма непрозрачен есть.
Т.е. если Вы считаете, что объекты в транспортах (или объединенном транспорте) корректны, то после импорта бегайте по объектам и активируйте руками то, что не активировалось при импорте. Зависимости объектов друг от друга бывают достаточно запутанными. И восьмерка на импорте вовсе не означает ошибку

Объединение все в один как раз таки решает все эти проблемы. Или я ошибаюсь?

Последовательность активации большого количества объектов не сильно предсказуема.

Она более предсказуема своим положительным результатом, чем перенос той же кучи объектов кучей запросов.

...