Предполагается нагрузка в 2000 сотрудников по з/п (начальный этап)
существующий продуктивный сервер - rp5470 (3 проца PA 850 6 Гигов памяти)

Обычно, ставят отдельный сервер, а с имеющейся системой связывают по ALE. Причин как правило бывает несколько:
1) разнести конфиденциальные данные (считается что уровень з/п более секурная инфа, чем информация, например, о контрагентах или т.п.)
2) по возможности обезопасить себя от неизбежных косяков при настройке
3) уйти от необходимости модернизировать железо продуктива (как правило - сервак староват и к нему трудно найти дополнительные прибамбасы)
Ну может что пропусти - люди поправят

Причин множество и стандарт рекомендует ставить HR отдельно

А где можно это прочитать?

никаких жестких правил не существует. мы в свое время проводили консультации с САПом по этому поводу. результат: как хотите, так и ставьте. в ранних версиях (до 4.6) предпочтительно было делать отдельную нисталляцию, сейчас жестких ограничений нет. эмпирически: если будете считать зарплату - отдельная инсталляция.

Да уж...насчёт "спрятать" зарплату это чисто расейский приоритет. Ещё и трафик зашифровать, что никакая сволочь из космоса не прослушала.

)))))
да речь не о "прятках", а в первую очередь о производительности, т.к. расчет зарплаты достаточно сильно пригружает систему.

можно считать в фоновом режиме
P.S. хотя RU00 в простейшем варианте и так "нечто" считает , нуно очень прилично обтесать её прежде чем всё заработало так как надо ..
Это опять же зависит от тех алгоритмов которые Вы хотите реализовать в рассчете