Здравствуйте.
Может ли кто подсказать класс либо ФМ для работы с сообщениями (тр-я SBWP) ?
Интересует удаление входящих писем.

Все функциональные модули знать невозможно. Запускаем в SE30 SBWP, удаляем письмо, смотрим лог. В нем есть ФМ SO_OBJECT_DELETE. Похоже это то, что Вам нужно.