Если я хочу присвоить какому то признаку в сапе (скажем Вид затрат) какой нибудь свой признак для дополнительной аналитики (скажем Вид работ) я через Exit добавляю в стандартную таблицу инклюд с полем, создаю дополнительный экран через тот же екзит чтобы пользователь вбивал значения...но это я так понял только в случае когда одному значению Вида затрат будет соответствовать одно значение моего доп. признака Вида работ т.е. один к одному... а если один ко многим тогда как быть? На уровне таблиц как это должно выглядеть?

Ну можно добавить несколько полей в инклюд, если ограничиваетесь на количество признаков. Но лучше, наверное, в таком случае свою табличку создать и туда писать, сколько хотите.