Добрый день. Подскажите плс как можно запустить саповскую транзакцию из другого приложения(допустим из екселя)

Вызвать можно RFC функциональный модуль.

Нужно имеено открытие сап-окна и запуск транзакции в нем

Как вариант - из своей самописной программы на Си при помощи rfc sdk можно открыть свое окно и выполнить там при помощи ФМ RFC_CALL_TRANSACTION или ABAP4_CALL_TRANSACTION нужную транзакцию.
RFC SDK поставляется с сап гуем, можно ли как то заставить Эксель делать тоже самое - не знаю

Думается проще будет сделать через соответствующий ActiveX элемент, вроде даже примеры в комплекте есть

Смысл такой, чтобы после того, как человек проведет карточкой в терминале, ему открылась нужная транзакция, где он должен проставить время и т.д. и выйти.
может кто-нибудь реализовывал похожее?

sapgui использует класс sap.functions, например в doi,
его же можно использовать для ваших целей, если получится отпишитесь

http://sapass.metro.client.jp/Sap_Activ ... ontrol.htm