Скопировал существующий статус, активировал его - он не появляется в списке объектов, хотя без проблем могу провалиться в него щелкнув по имени статуса в строке программы set pf-status <СТАТУС>.

Удаляю статус - такая же хрень - он остается висеть в списке объектов, если щелкаю по нему - грит нет такого.

Можно как-то с этим побороться?

Можно. Кликнуть правой кнопкой по имени корневого объета и далее проследовать по пути контекстного меню: Другие функции - Создать заново список объектов. Должно помочь.

либо через меню Обработать-Актуализировать (если версия 4.0)

Получилось так: по меню: Утилиты - Активировать индекс навигации.