1) возможно, где-то нет вызова ФМа MS_REFRESH_ENTRY_SHEET, или в не совсем подходящем месте
2) если у Вас для одной записи работает, то для подобных относительно старых функционалов можно обернуть Вашу часть в report; a report уже вызывать через Submit в цикле. Overhead, но гарантия.
3) как подсказал Удав: вызвать ФМ в отдельном в процессе, но я бы порекомендовал в этом случае вынести нужный Вам набор ФМов в отдельный ФМ и его вызывать через DESTINATION 'NONE' для одной записи. (эффект будет почти как в пункте 2, но тестировать легче пункт 2; а для текущего стандартного функционала услуг это может быть важно).
4) (шутка, но доля правды может быть): перейти на подход "услуга как материал", но нужно провести методологическую работу
