Добрый день, попробую Вас сориентировать

-
1) Где SAP BI хранит данные для построения кубов и отчетности ? Как называется этот модуль в архитектуре SAP BI ?
Давайте начнем с того, что SAP BI - это собирательное понятие, которое группирует набор программно-аппаратных продуктов компании SAP AG по их функциональному назначению - возможность ведения анализа бизнес информации. В SAP BI можно включить такие продукты как -SAP Business Information Warehouse (SAP BW), SAP Integrated Planning (SAP BI IP), SAP Business Objects (SAP BO), SAP Business Planning and Consolidation (SAP BPC) и тд...
Ведение инфопровайдеров, таких как многомерных инфокубов производится в системе SAP BW;
2) Как SAP BI соотносится с R3 ? R3 является часть SAP BI ?

SAP BW является внешней/отдельной системой по отношению системы SAP ERP интеграция производится на уровне источников данных или RFC;
3) SAP BI предоставляет возможно делать select'ы непосредственно из базы данных под SAP BI ? Или только через NetWeaver?
Возможностей для выборки данных, в том числе используя SQL/Open SQL - большое количество, следует определить какую и откуда Вы собираетесь брать информацию;
4) SAP BI предоставляет возможность интеграции с NetWeaver минуя OpenHub ?
Здесь не очень понятен вопрос: как правило Open HUD используется для интеграции системы хранилища данных SAP BW (она же SAP NetWeaver BW) с внешними системами (SAP/ non-SAP ).